Séminaire Santé Numérique 2025

L’édition 2025 du séminaire santé numérique se tiendra au département de médecine de l’UFR3S à Lille, pôle formation (Warembourg 2), du 13 octobre (après-midi) au 15 octobre 2025.

Fort de vos retours sur l’édition précédente (merci encore à celleux qui ont répondu au sondage), notre comité d’organisation s’est élargi et diversifié pour vous concocter un événement à la hauteur de vos attentes.

Inscriptions

Les inscriptions sont closes.

Programme

Horaire Intitulé Lieu
Lundi 13/10
13:00 Accueil Hall médiathèque
14:00 Plénière, première session Amphithéâtre multimedia
15:30 Pause café Hall médiathèque
16:00 Plénière, seconde session Amphithéâtre multimedia
17:30 Présentation des hackathons Amphithéâtre multimedia
18:00 Fin de la journée
18:15 Meetup Santé Chair SVT Amphithéâtre 4 prestige
20:15 Fin du meetup
20:30 Soirée au food court Le Wagon
23:00 Fin de la soirée
Mardi 14/10
08:30 Accueil Hall d’accueil
09:00 Hackathons Salles E003, E004, E005, E006, E042
11:30 Pause café Hall d’accueil
11:45 Hackathons Salles E003, E004, E005, E006, E042
12:45 Pause déjeuner Hall d’accueil
14:00 Hackathons Salles E003, E004, E005, E006, E042
16:00 Pause café Hall d’accueil
16:15 Hackathons Salles E003, E004, E005, E006, E042
17:45 Fin de la journée
18:30 Cocktail dînatoire + soirée Palais de la Bourse
23:30 Fin de la soirée
Mercredi 15/10
08:30 Accueil Hall d’accueil
09:00 Hackathons Salles E003, E004, E113
10:30 Pause café Hall d’accueil
10:45 Hackathons Salles E003, E004, E113
12:00 Restitution Salle E113
12:30 Pause déjeuner Hall d’accueil
14:00 Fin du séminaire

Plénière

Horaire Intervenant.e Présentation Liens
14:00 Natalia Grabar TAL médical en évolution diaporama, video
14:30 Étienne Guevel SCAI diaporama, video
15:00 Sorina Pop Virtual Imaging Platform diaporama, video
15:30 Pause café
16:00 Simon Tournier What about reproducible computational environments? diaporama, video
16:45 Julien Finet Kitware diaporama, video
17:30 Présentation des hackathons

Hackathons

Empaquetage avec Guix

Guix est un outil permettant de construire et de déployer des environnements logiciels de manière reproductible.

Objectifs

Ce hackaton a pour objectif d’améliorer la reproductibilité des chaînes de traitement en intégrant Guix dans celles-ci.

Déroulement

Différentes approches seront abordées :

  • Écriture de définitions de paquets (utilisation de guix import, guix-packager, ou écriture manuelle à partir d’exemples existants et de la documentation)
  • Transformation d’un Dockerfile existant en se basant sur une image générée par Guix comme image de base
  • …

Une rapide présentation des concepts et des méthodes (~1h) sera suivie d’une partie en autonomie (seul ou en groupes de travail) avec le support de l’équipe d’organisation du hackaton.

Prérequis

Les personnes désirant participer sont invitées à contacter l’équipe d’organisation afin d’évaluer la possibilité de mener à terme les objectifs envisagés (par ex. empaquetage du logiciel X, guixification de son Dockerfile).

Organisé par

Atelier MONAI avec Kitware

Le projet MONAI révolutionne l’imagerie médicale grâce à un écosystème complet d’outils d’IA. Sa mission est de combler le fossé entre l’innovation en recherche et la mise en œuvre clinique, en fournissant des solutions professionnelles qui accélèrent le développement des technologies de santé.

Cet atelier est conçu pour les développeurs, data scientists et chercheurs qui souhaitent maîtriser la chaîne complète de l’IA en imagerie médicale, de l’annotation des données à la mise en production.

Déroulement

  • Présentation des concepts et outils MONAI (~1h) : Un aperçu des briques fondamentales de MONAI Core pour la création de workflows d’IA, et une introduction à MONAI Label pour l’annotation assistée par l’IA et MONAI Deploy pour le déploiement.
  • Atelier End-to-End (~2h) : Mise en pratique concrète pour créer une chaîne de traitement complète, de l’entraînement à l’inférence, en utilisant un jeu de données de référence.
  • Atelier MONAI Label (~1h) : Prise en main de MONAI Label pour découvrir les bases de l’apprentissage actif et accélérer le processus d’annotation.

Organisé par

  • Kitware

Analyse de comptes rendus médicaux avec l’EDS du CHU de Bordeaux

Le CHU de Bordeaux, et plus particulièrement l’équipe en charge du déploiement de leur entrepôt de données, nous propose un sujet d’hackthon orienté traitement automatique des langues.

Objectif

Analyser des comptes rendus médicaux extraits de l’entrepôt de données du CHU de Bordeaux afin de déterminer automatiquement un diagnostic principal basé sur la codification CIM-10.

Le défi portera uniquement sur le chapitre « tumeurs malignes » (C00-C99).

Ressources mises à disposition

  • Textes bruts anonymisés des trois dernières années, avec plusieurs classes associées (objectif de prédiction).
  • Accès à des ressources de calcul dans la bulle EDS :
    • Cluster orchestré par SLURM,
    • GPU adaptés à la tâche.
  • Un compte nominatif pour chaque participant.

Déroulement

  • Participation en groupe ou individuelle possible.
  • Pour des raisons d’autorisation, les données pourront être traitées mais non consultées dans leur version brute.

Pré-requis :

  • Inscription avant le 25/09 afin de permettre la création des comptes utilisateurs.

Organisé par

Apprentissage fédéré avec Fed-BioMed

Fed-BioMed est un cadriciel d’apprentissage fédéré pour le domaine de la santé, qui permet d’entrainer un modèle (PyTorch, scikit-learn) avec des données de plusieurs sites sans les partager ou les sortir du site d’origine.

Déroulement

Cet atelier commencera par une rapide introduction à l’apprentissage fédéré en génral, à Fed-BioMed (~1h), puis un atelier guidé d’utilisation basique de Fed-BioMed (~45 min).

Deux types de participation sont ensuite possibles:

  • Bring your own project: venez avec une problématique, un jeu de données, un modèle à porter en fédéré - pour implémenter et/ou échanger avec les organisateurs et les participants. Maximum 2 projets. Inscription avant le 01/10 avec une brève description du use case. Participation attendue sur l’ensemble de la durée du Hackathon

  • Tutoriels en autonomie: jouez à votre rythme des tutoriels d’utilisation de Fed-BioMed. Installation optionnelle du logiciel ou utilisation de Google Collab. Possibilité de participer sur des horaires libres (présence recommandée pour l’introduction).

Organisé par

Extension DICOM pour l’EEG

Contexte

Bien que le standard DICOM soit omniprésent dans le milieu hospitalier pour l’imagerie, il reste peu (ou pas) utilisé pour les données neurophysiologiques comme l’EEG. Un supplément pour les signaux neurophysiologiques a été créé en 2019, mais il ne semble pas avoir été implémenté dans les bibliothèques les plus utilisées, comme DCMTK (C++) ou pydicom (Python).

L’enjeu de ce hackaton est donc de combler ce fossé technologique, en développant une bibliothèque qui facilite la conversion des signaux EEG au format DICOM afin de les transmettre vers un PACS, ouvrant ainsi la voie à une meilleure intégration des données neurophysiologiques dans les chaînes de traitement de données hospitalières existantes.

Objectifs

  • Implémenter le support du supplément DICOM Neurophysiology Waveforms (minimal dans un premier temps)
  • Convertir un premier format générique (type EDF ou GDF)
  • Effectuer la transmission des données DICOM vEEG vers un PACS dcm4chee
Note

Idéalement, l’intérêt commun serait d’effectuer ce travail en C++, mais il pourrait être intéressant et plus rapide de prototyper et tester le processus avec Python, selon le nombre de participants et les appétences de chacun.e.

Organisé par

Organisation de l’événement

Objectifs

Dans la continuité des précédents séminaires, cette édition a pour objectifs d’animer le réseau DevTech autour de la santé numérique.

Cette année, le séminaire aura lieu en parallèle des journées annuelles du PEPR Santé Numérique. L’objectif est de pouvoir profiter de la collocalisation des événements pour partager les dynamiques (notamment lors des temps conviviaux qui seront communs). Par ailleurs, il est envisagé de pouvoir avoir des temps de présentation de panel et/ou démos pour les volontaires auprès des participant·es aux journées du PEPR.

Public visé

  • Ingénieur·es de la ligne DevTech Inria (jusqu’à 30)

  • Ingénieur·es du PEPR SantéNum et du projet MEDITWIN (5 à 10)

  • Ingénieur·es de partenaires extérieurs (5 à 10)

    Par ex: Institut Pasteur, Université Paris Cité, Sorbonne Université, etc.

Programme envisagé

Suite aux retours de la précédente édition, le comité d’organisation a envisagé le programme suivant, mais il est amené à évoluer en fonction des propositions de contributions.

1/2 journée Programme envisagé
Lundi après-midi Plénière
Mardi matin Hackathons
Mardi après-midi Hackathons, panel, démos (PEPR)
Mercredi matin Hackathons, ateliers, restitution

Pour le panel et les démos du mardi après-midi, l’idée est de prévoir du temps pour présenter les projets auprès des participant·es aux journées du PEPR.

Canaux de communication

Cette année, le comité d’organisation va privilégier les canaux de diffusion suivant :

Tip

La liste de diffusion est archivé publiquement, il est donc possible de retrouver les annonces précédentes au besoin.

Comité d’organisation

Vous trouverez les noms et contact des membres du comité d’organisation dans le tableau ci-dessous. N’hésitez pas à vous rapprocher de l’un d’eux pour toutes questions ou suggestions.

NOM Prénom Courriel Service ou centre
CASTELNEAU Julien julien.castelneau@inria.fr DGDI
CHESNIN Clément clement.chesnin@inria.fr Rennes
CHI Yao yao.chi@inria.fr Rennes
DUTARTRE Dan dan.dutartre@inria.fr Bordeaux
GOZUKAN Hande hande.gozukan@inria.fr Saclay
POISEAU Eric eric.poiseau@inria.fr Rennes
PRAMPART Thomas thomas.prampart@inria.fr Rennes
VAILLANT Ghislain ghislain.vaillant@inria.fr Paris